Am Karfreitag, dem 29. März um 15.00 Uhr wurde auch in der Wallfahrtskirche des Leidens und Sterbens Christi gedacht. Die Karfreitagsliturgie leitete Pater Thomas. Mit ihm konzelebrierten Generalvikar Josef Ederer und der Opus Dei-Priester Professor Dr. Stefan Mückl.

Pater Thomas erklärte bereits vor dem Einzug den Gläubigen, dass am Karfreitag das Kreuz im Mittelpunkt der Liturgie stehe und dass wir „nur staunend und sprachlos das Geheimnis unserer Erlösung feiern“ könnten, denn Jesus Christus habe „das Kreuz für uns zum Zeichen des Lebens verwandelt“. Die Gefühle über die Ereignisse am Karfreitag kamen auch durch den stillen feierlichen Einzug von den Priester mit den Ministranten zum Ausdruck. In seiner Predigt ging Pater Thomas auf die Bedeutung des Kreuzes ein. Er warnte davor, das Kreuz zu verharmlosen oder es als anstößig entfernen zu wollen. Die Heiden damals hielten die  Kreuzverehrung für eine Torheit und die Juden für ein Ärgernis, da sie einen mächtigen Messias erwarteten. Und die Gefahr, das Kreuz zu verkennen, bestehe auch heute noch, stellte Pater Thomas fest. Doch schon der hl. Paulus‘ habe erkannt, dass Gott „den, der die Sünde nicht kannte, für uns zur Sünde gemacht“ habe. So sei das Kreuz ein Zeichen für Jesu Sieg über die Sünde.

Nach den Großen Fürbitten stand die Verehrung des Kreuzes im Zentrum der Feier. Die Blumen, welche die Gläubigen vor dem Kreuz niederlegten, wurden für den Kirchenschmuck an Ostern verwendet.  Mit der Kommunionausteilung endeten die Zeremonien.

Da die Orgel schweigen musste, führte Frau Brigitte Fruth musikalisch a capella durch die Liturgie.