Die Bischofsstadt Passau ist seit alters her ein Zentrum des religiösen Lebens für Bayern und Österreich. 1611 brachte Fürstbischof Erzherzog Leopold von Österreich in seine Residenzstadt ein Bild der Gottesmutter mit dem sie zärtlich umarmenden Kind. Dieses war von Lucas Cranach d. Ä., einem der bedeutendsten deutschen Maler, wohl nach 1537 geschaffen worden.
Das herausragende Gemälde fand die Zuneigung des Passauer Domdekans Marquard Freiherr von Schwendi. Er ließ sich daher zwei Kopien fertigen und hängte eine davon in einer Holzkapelle in seinem Garten am Fuße des heutigen Mariahilfberges für seine persönliche Andacht auf. Nach einer Reihe von Marienvisionen entschloss er sich 1622, eine Kapelle für das Bild oben auf dem Berg zu bauen und diese für alle Gläubigen zu öffnen. Wegen des überaus großen Andrangs der Beter und Wallfahrer musste er schon 1624 daran gehen, eine Kirche zu errichten, die 1627 eingeweiht werden konnte. Ihr Baumeister war der Passauer Meister Francesco Garbanino, offenbar aus dem Kreis der Tessiner Künstler, die damals die Barockkunst nach Bayern brachten. Schnell wurde diese neue Kirche zur überaus beliebten Wallfahrt, die ab 1631 von Kapuzinern des Passauer Kapuzinerklosters am Fuß des Berges betreut wurde. Diese Kapuziner der österreichisch-böhmischen Provinz machten Mariahilf zu einem Wallfahrtszentrum für Mittel- und Südosteuropa.
„Mariahilf“ war wesentlicher Teil der in der Barockzeit besonders blühenden Verehrung der Gottesmutter. Hunderte von Tochterwallfahrten entstanden, vor allem in Amberg/Oberpfalz, Innsbruck (mit dem Originalgemälde des Lucas Cranach), Wien und München.
Menschen aller Schichten und aus allen Regionen fanden in großer Zahl den Weg nach Mariahilf. Sogar politische Dimension erhielt die Anrufung „Maria hilf!“ durch die geglückte Befreiung Wiens von den Türken im Jahr 1683: Der kaiserliche Hof um Kaiser Leopold I. von Habsburg war im Juli erst nach Linz und dann nach Passau geflüchtet, wo sie gemeinsam mit den Passauern die Hilfe der Gottesmutter erflehten. Kapuzinerpater Marcus von Aviano, der bedeutendste Volksprediger des 17. Jahrhunderts und persönlicher Berater von Kaiser Leopold, einte die christlichen Heerführer und gab für die entscheidende Abwehrschlacht am 12. September 1683 als Kampfruf die Devise „Maria hilf!“ aus. Mit Rücksicht auf den protestantischen Kurfürsten von Sachsen wurde dann die Tagesdevise auf „Jesus und Maria hilf!“ erweitert.
Die Hinwendung zur Gottesmutter blieb in erster Linie von den Grundproblemen menschlicher Existenz bestimmt. Dies bezeugen die zahllosen Mirakelberichte, Votivtafeln und auch Lieder, besonders von Prokop von Templin, dem Mariendichter aus dem Kapuzinerorden.
1783 wurden die österreichischen Besitzanteile des Fürstbistums Passau abgetrennt und damit die große Passauer Diözese aufgelöst. Mit dem damit verbundenen Verbot aller österreichischen Prozessionen nach Mariahilf setzte der Niedergang der Wallfahrt ein. Im Jahre 1803 traf das Kapuzinerkloster mit der Säkularisation endgültig das Los der Aufhebung. Da in der Folgezeit die zwei Weltpriester der Wallfahrtsstätte Mariahilf mit dem großen Andrang der Wallfahrer überfordert waren, musste notgedrungen eine Abnahme der Wallfahrt erfolgen.
1809 drohte der Wallfahrtsstätte sogar Zerstörung und völliger Untergang, denn Kaiser Napoleon ordnete die Anlegung von Schanzgräben auf dem Mariahilfberg an. Das Mesnerhaus wurde bereits niedergerissen, und ebenso sollten auch die übrigen Gebäude und sogar die Kirche weichen. Im letzten Moment konnte die totale Zerstörung noch abgewendet werden, dennoch bahnte sich eine Entwicklung an, die in die gleiche Richtung lief, da alle notwendigen Renovierungen ausblieben.
Obwohl offiziell Wallfahrten nach dem Gesetz der Säkularisation verboten waren, machten sich dennoch viele Marienverehrer weiterhin auf den Weg nach Mariahilf. Der junge Bauernsohn Hans Birndorfer, der spätere hl. Bruder Konrad, wallfahrtete regelmäßig von Parzham aus zu den umliegenden Marienheiligtümern und mehrmals auch nach Mariahilf.
Erst der Geist der Katholischen Reform Bayerns hat die Wallfahrt nach drei Jahrzehnten wiederbeleben können. 1831 förderte Bischof Karl Joseph von Riccabona die Wallfahrt Mariahilf durch Vermehrung der Wallfahrtspriester unter einem Direktor. Die Wallfahrt erstreckte sich vorerst auf die Diözese Passau und das nähere österreichische Umland. Den Kampf gegen den Verfall der Gnadenstätte nahm aber endgültig und energisch Bischof Heinrich von Hofstätter auf. Er gilt bis heute als zweiter Gründer von Mariahilf durch völlige Wiederherstellung der Kirche 1846, der Wallfahrtsstiege 1862 bis 1864 und durch Stärkung der Wallfahrtsseelsorge mit der Einsetzung von 15 bis 20 Priestern. Leider ließ zunehmender Priestermangel die Zahl der Weltpriester auf Mariahilf bis zum Jahr 1886/87 wieder auf zwei schrumpfen, deshalb übergab Bischof Michael von Rampf 1890 die Betreuung der Wallfahrt an die bayrischen Kapuziner, die das Hospiz und das Dekanstöckl bezogen. Sie kümmerten sich bis 2002 um die Wallfahrt, bis sie sich aus Mangel an Ordensnachwuchs vom Mariahilfberg zurückziehen mussten. Für die Betreuung der Wallfahrtskirche und der Wallfahrt konnte der Orden der Pauliner gewonnen werden, der sich seitdem mit zwei Wallfahrtspriestern, mit einem Ordensbruder und mit Unterstützung der beiden Paulinerpatres, die die Innstadt-Pfarrei leiten, für die erfolgreiche Weiterführung der Wallfahrtsstätte einsetzen.
So finden auch heute noch regelmäßig Wallfahrten von Gemeinden der Diözese Passau und des österreichischen Umlandes nach Mariahilf statt. Fuß- und Radwanderer auf dem Pilgerweg „Via Nova“ verweilen gerne in Mariahilf zum Gebet und zur Verehrung Mariens. Auch Pilger aus anderen Diözesen und sogar Pilgertouristen aus vielen weiteren Ländern Europas machen auf ihrer Reise gerne Station in der Wallfahrtskirche. Durch die weltweiten Verbindungen des Paulinerordens hat sich die Bekanntheit von Mariahilf inzwischen sogar international ausgebreitet, und viele Donaukreuzfahrer aus Europa und anderen Kontinenten konnten die besondere Ausstrahlung der Wallfahrtskirche bereits für sich entdecken.